可视化医药开发软件 BioSolvetIT Seesar v13.0.5 x64 免费安装版 附图文教程

BioSolvetIT Seesar （免费安装版）是一款直观、可视化的药物设计平台，它涵盖药物发现过程的每一步——从虚拟筛选到基于片段的设计——SeeSAR 以最有趣和最全面的方式促进构思。

SeeSAR 在药物设计过程的每一步都促进创新。 该应用程序包括所有对处理您的化合物和目标结构至关重要的工具，这些工具已根据任何化学家的需求进行了微调。ADME 属性评估、全面的颜色编码、未占用的绑定口袋可视化等许多有用的功能，支持您做出合理的交互式决策。

今天脚本之家小编给大家分享的是BioSolvetIT Seesar的安装版本，此版本内含补丁，只需要简单的几步操作即可免费使用全部功能，下面有详细的安装教程，需要的朋友不要错过哦！

软件功能

SeeSAR 是您直观、可视化的药物设计平台。涵盖药物发现过程的每一步——从虚拟筛选到基于片段的设计——SeeSAR 以最有趣和最全面的方式促进构思。

SeeSAR 在药物设计过程的每一步都促进创新。该应用程序包括所有对处理您的化合物和目标结构至关重要的工具，这些工具已根据任何化学家的需求进行了微调。

ADME 属性评估、全面的颜色编码、未占用的绑定口袋可视化等许多有用的功能，支持您做出合理的交互式决策。

我们所有的工具都基于可靠和透明的科学，这些科学被一千多种出版物引用。如果您想了解更多关于 SeeSAR 背后的科学知识，请点击按钮。

13版特点

使用 SeeSAR 'Midas' 进入现代和复杂药物发现的下一阶段。第 13 版的开发目的是用作一种功能强大但用户友好的工具，用于生成以目标为导向的结果——只需单击一下!

新颖的构思引擎称为“MedChemesis”：一种配体突变工具，可根据常见的药物化学反应创建一系列与查询化合物相似的化合物。可以在吸气模式下访问 MedChemesis，对化合物周围的近端化学空间进行采样以进行有希望的修饰(例如，将羧酸生物等排替换为四唑基团，引入卤素或甲基以增加效力，或替换碳对于芳环系统内的氮原子)。通过总共 290 种最常见的药物化学转化，MedChemesis 以最有效的方式探索了由结合位点拓扑引导的大量类似物——无需完整列举所有可能性。

除了几项生活质量软件改进外，还添加了另一项重要功能来增强屏幕设计体验：用户现在可以可视化目标/蛋白质表面。多种着色和可视化选项(基于亲脂性、链条颜色、不透明/透明……)可用于根据您的需要创建有意义的图形。功能还不止于此：所有 3D 表面表示都可以通过 SeeSAR glb 文件导出导出，以用于演示文稿，以直观地传递科学的核心信息!

功能特色

蛋白质模式

拖放您的蛋白质，或在在线数据库中轻松搜索。几秒钟之内，您的目标就准备好了，您就可以开始了。

蛋白质编辑器模式

根据您的需要修改您的蛋白质。探索旋转异构体、引入突变并定制侧链。

结合位点模式

SeeSAR 会自动为您检测配体的结合位点。此外，您可以通过添加单个残基来精确扩展它——或者单击一下以找到蛋白质中的空位。

分子编辑器模式

根据您的喜好在 2D 或 3D 中即时修改分子。完成后，分子会直接为您的任务做好准备。

分析仪模式

使用可视化的 HYDE 分数估计亲和力并解释结果。过滤您的化合物以获得相关参数，计算 ADME 属性，并完全控制配体-靶点相互作用。

吸气模式

创意无限!发现新的支架，探索自由空腔并使其生长，或使用片段库连接分子以获得优雅的解决方案。

对接模式

一键停靠化合物!筛选活性成分库，并本能地评估您的结果。

相似扫描仪模式

根据化合物的分子相似性，无需目标结构即可比对您的化合物。

新功能

[2023-05-17]

SeeSAR 13 的创建旨在为用户提供只需单击一下即可将其化合物转化为有价值的想法所需的所有工具。

重要说明： SeeSAR 13 附带更新的 HYDE 化学模型。因此，亲和力计算在版本 13 和旧版本的 SeeSAR 之间可能会有所不同。如果在 SeeSAR 13 中打开使用以前的 SeeSAR 版本创建的项目，则需要对姿势进行后续重新评分。

MedChemesis：Inspirator 模式的补充

随着 MedChemesis 的推出，Inspirator 模式又添了一笔!

MedChemesis 在结合位点创建一系列配体的 3D 类似物，应用多达 290 种受药物化学启发的转化，只需单击添加到 Inspirator 的所有分子即可触发。MedChemesis 有助于生成输入分子的密切类似物，具有更高的亲和力、生物利用度，以及覆盖代谢软点，并找到最佳的生物电子等排替代物。

“Fragment origin”列表示已应用于特定结果分子的转化类型。

增强的蛋白质表面

迄今为止仅限于结合位点的表面生成和展示现在可用于整个蛋白质表面。

显示蛋白质表面的机制已从右上角的可视化设置移至序列视图。

可视化将结合位点与蛋白质的其余部分区分开来，并提供了一系列方法(LogP、Element、Chains、Custom)来为表面着色。

表面透明度也可以在透明和不透明之间切换。

增强的 3D 模型导出到 PowerPoint

从 SeeSAR 将 3D 模型导出为 .glb 文件以用于外部演示工具(如 PowerPoint)已扩展为包括完整的蛋白质，包括色带和表面可视化。

此扩展克服了以前的限制，即此类输出仅限于分子和结合位点残基。

引擎盖下化学模型的改进

SeeSAR 13.0 的化学模型已更新，具有以下更改：

VSEPR 几何形状的修订

键长的调整和微调

改进的芳香性检测

持续支持含过渡金属的化合物

蒽醌环系统的改进构象

引擎盖下对接算法的改进

极性相互作用的改进和统一

改善硫相互作用

改进和统一的非极性相互作用

改进了算法的数值稳定性和平台 独立性

改进排名和重新对接结果

引擎盖下评分功能的改进

HYDE 2.0 附带的 SeeSAR 13 带来了以下改进：

将硫氢键视为弱极性相互作用

考虑所有原子(包括极性原子)的疏水分数贡献

能够使用球体 (Ph4) 约束作为后置过滤器

改进排名和与实验结果的相关性

改进了算法的数值稳定性和平台 独立性

引擎盖下 3D 对齐算法的改进

SeeSAR 13 附带 FlexS 5.0，带来以下改进：

改进、统一的极性相互作用和非极性相互作用

考虑疏水原子对排列的贡献

改进基准测试中的对齐结果

对引擎盖下的片段增长算法的改进

FastGrow 1.1 附带了 SeeSAR 13，带来了以下改进(需要最新版本的增长库)：

修改后的片段数据库仅包含椅子构象

SeeSAR 13 附带一个包含 12K 片段的数据库。更大的片段数据库可以从我们的网站免费下载。

改进且易于理解的错误消息

一般 SeeSAR 可视化架构更新

3D 渲染机制已从根本上进行了彻底改造，成为一个现代化的、独立于平台的架构。

SeeSAR 的底层用户界面框架也从 Qt5 升级到 Qt6。此升级带来的结果是不再支持某些较旧的 Linux 版本。所有拥有服务器许可证的用户都必须更新到最新的 Flexlm 11.19.2 许可证包。

项目兼容性

迁移到 SeeSAR 13.0 并使用早期 SeeSAR 版本创建的项目的用户将被告知，由于 SeeSAR 13.0 中分子处理、化学和相互作用模型的重大改进，所有分数都将被重置。用户将有机会保存其旧项目的副本。

面向用户的界面改进

开始屏幕开始

屏幕将不再包含“新增功能”幻灯片，但可以通过 SeeSAR 右上角的新扩音器图标直接链接到更新日志。这样一来，所有的变化都可以系统地记录在网站上，用户想要了解新的也只有这一个地方可以关注!

“What's New”扩音器图标将显示一个“通知点”，以指示新 SeeSAR 版本的可用性，或者如果用户甚至没有单击此按钮来阅读更改日志一次。

新热键 常用的表操作现在有键盘快捷键，适用于所有分子表：

检查分子 - ALT+C

标记为收藏 - ALT+F

将分子设置为活性/非活性 - ALT+A

改进了对接和相似扫描仪输入的处理

对接和相似扫描仪模式中的输入表现在包含复选框，可以选择和删除后续对接或 3D 对齐计算不需要的输入分子。

此添加克服了先前存在的瓶颈，即输入表中的所有分子总是要进行对接或 3D 对齐计算。

改进了已检查分子的处理

当在任何表格中“检查”分子时，表格标题上会显示当前已检查分子总数的附加指示器。

在具有多个表(对接、相似性扫描器)的模式中，如果在检查多个表中的分子时尝试对已检查的分子执行操作，则会警告用户。

这可以防止意外删除/移动用户可能在当前视图之外的表格的不同部分检查过的分子。

改进的通知消息：

SeeSAR 中的通知传递方式发生了显着变化，确保用户不会错过重要通知。

基本上有两种向用户显示的通知 a) 信息(蓝色背景) b) 错误/警告(红色或橙色背景)。

错误和警告保留在屏幕上，必须由用户明确关闭。

消息中心中有关于可用消息数量的指示。

在消息中心内，用户现在可以选择“清除所有信息”或“清除所有消息”。

增强的过滤选项

“组合过滤器”旗帜下的三个新过滤器可用于分析仪，使用众所周知的标准快速有效地过滤分子，即：

药物相似性(Lipinski 规则 5)

铅样

片段相似度

改进的进度可视化

引入了视觉上和功能上改进的进度对话框。这种新的进度可视化传达了三种与当前正在执行的流程的进度相关的不同消息，即：

进程运行的图形表示

执行完成的百分比

执行完成的估计剩余时间

改进了对外部 HYDE 评分的支持

HYDEscorer 定义文件导出也可以从分析器中获得，现在还包括所有活动 Ph4 约束的信息，用作使用 HYDE 2.0 命令行工具进行计算的后过滤器。

注意：这种对使用 Ph4 约束的扩展支持在绑定站点模式中不可用。

系统要求

-RAM：8GB 最好，超过就更好了。

-CPU：我们的工具不是很饿——但它们从多个 CPU 中获益，因为它们实现了并行算法。如果有疑问，宁愿选择更慢的 CPU 而不是更快的 CPU。

- 显卡：重要的是要知道本地显卡对于 infiniSee 和 SeeSAR 是强制性的。

安装教程

1.在脚本之家下载解压后，双击seesar-13.0.0-Win64和crack等文件，双击seesar-13.0.0-Win64开始安装软件；

点击browse更换软件安装目录，如图

2.默认选择直接点击next，如图

3.默认选择，点击next，如图

4.点击install开始安装软件，如图

5.等待安装完成，如图

6.安装完成，去掉勾选，先不要运行软件，如图

7.在安装补丁前，首先要打开软件的安装目录，如果忘记软件的安装目录，请返回到桌面，找到软件的桌面快捷图标，并右键点击图标，出现弹窗后选择“打开文件位置”即可获得文件安装目录。如图

8.打开crack文件夹，将里面的补丁复制到软件安装目录中替换，如图

9.选择替换目标中的文件，如图

10.安装完成，如图