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简介
Schrodinger PyMOL是一款功能强大的分子查看器和渲染器。 它可用于准备出版质量的图形、与同事共享交互式结果或生成预渲染动画。 如今,全世界成千上万的科学家经常依赖 PyMOL 来完成此类任务。
PyMOL破解版主要是图形、电影和演示文稿生成工具。 然而,它也可以用于各种常规和专业任务,例如静电表面电位和分子动力学轨迹的可视化。
在图形制作方面,PyMOL 是 Molscript、BobScript、PovScript 和 Raster3D 的替代品。 PyMOL 相对于这些包的主要优势是能够使用图形用户界面代替(或除此之外)命令行脚本。
关于电影生成,PyMOL 可以创建和输出 3D 分子电影,其方式与这些其他工具对一般 3D 动画 Maya、Blender、Cinema4D 和 3ds Max 所做的大致相同。 PyMOL 还可用于生成几何输入,以与这些通用动画工具一起使用。
关于演示文稿,PyMOL 的工作方式类似于动画 3D 分子 PowerPoint,因为 PyMOL 会话(类似于 PowerPoint PPT 文件)可以使用一系列场景(类似于 PowerPoint 幻灯片)构建,这些场景从一个平滑地流动到另一个以传达结果或告诉故事。
安装激活教程
1、在本站下载并解压,如图所示
2、安装程序,勾选agree
3、选择all users选项
4、安装完成,将破解的文件复制到安装目录中,替换
5、运行程序,点击browse选择刚才复制过去的lic许可证文件
新功能
2.5.4新功能
1、独家激励 PyMOL 功能
所有 PyMOL 操作的多级撤消/重做
MAE 导入:更多功能区样式和标签改进
MAE 导入对话框:离散状态支持
构建器:来自PDB的核苷酸现在可以扩展
APBS 插件:PDB2PQR 3 兼容性
STL 导出:导出时的平均法线
“sphere_mode”的 10/11 缩放
生成器:“清除残留物”按钮添加
加载 collada 作为 CGO
2、文件导入/导出
DX 二进制映射导入支持 (*dxbin)
PDB/MMTF 导出:现在添加了对称信息
改进的 FASTA 导入
支持地图.gz和 mrc.gz 扩展
3、建筑商和面板
生成器:改进的保险丝命令(不允许超价键,替换一价原子而不是附着在它们上)
面板:可自定义的键盘快捷菜单
面板:属性检查器现在支持使用“删除”键取消设置设置
4、图形与可视化
光线内部颜色现在与“设置ray_interior_color,原子”匹配基元 120
等值网格透明度支持
“sphere_mode”删除了 5(9 作为替换)
弯曲的卡通圆柱形螺旋“cartoon_cylindrical_helices=1”(前一个=2)。#131
通过设置“isosurface_algorithm, (0, 1)”的行进立方体生成等值面(0 需要 VTKm)
5、中国人民银行处理
在重新粘合、平滑和intra_fit中支持的周期性边界条件
6、接口更改
删除了对 Python 2 的支持
添加了 PBC 参数以重新绑定、平滑和intra_fit
png(无) 返回字节
scene_order() 允许“名称”列表
添加了pbc_wrap() 和pbc_unwrap
matrix_reset() 支持所有状态的“state=0”
editing_ring() 已添加
取消设置现在恢复全局设置的默认值
load_traj现在默认使用 state=1
get_area命令和点表示形式:排除“标志忽略”原子
功能特色
1、图形质量
内置的光线追踪器可为您提供任何场景的阴影和深度。您也可以在外部渲染。
2、电影
创建电影就像加载多个PDB文件并点击播放一样简单。
3、输出选项
图像可以直接复制和粘贴到PowerPoint和Keynote中。静态图像和渲染序列可以PNG格式输出,也可以输出为QuickTime电影(在Mac OS X上)。
4、原子选择
任意逻辑表达式有助于集中可视化和编辑。
5、表面再现
与Grasp一样好,甚至更好,并且也支持网格表面。
6、卡通再现
PyMOL的卡通几乎与Molscript一样漂亮,但更容易创建和渲染。
7、命令行和GUI控制
复杂的“现实世界”应用程序通常需要两者。
8、Molecular Splits/Joins
结构可以在运行中被切片、突变和重组,并写入标准文件(即PDB、MOL/SDF)。
9、脚本
控制PyMOL的最佳方法之一是通过可重用的脚本,这些脚本可以用命令语言或Python编写。
10、构象编辑
点击和拖动界面允许您自然地编辑构象。雕刻允许分子适应您的变化。
11、可扩展性
PyMOL Python API提供了一种可靠的扩展和接口方式。
12、跨平台代码
单一代码库支持Unix、Macintosh和Windows,使用OpenGL和Python以及一小组开源外部依赖项。