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conda创建环境、安装包、删除环境步骤详细记录

作者:Begonia_cat

对于生信工作者,有一个方便可用的环境可以极大地方便我们开展分析,conda可以让我们在非root的情况下较为方便地切换不同的工作环境,下面这篇文章主要给大家介绍了关于conda创建环境、安装包、删除环境步骤的相关资料,需要的朋友可以参考下

前言

在跑项目时,常常会安装很多的包,也通常会遇到需要安装指定版本的包,以及包与包不兼容的问题。

比如:在项目1中安装librosa时,会自动安装相应版本的numpy。而如果你把各个项目都放在一个环境下,且项目2需要的numpy并不是这个版本,可能就会被替换,从而出现不兼容的问题。

因此,建议在运行项目时,针对每一个项目单独创建环境,这样能够保证各个项目之间的环境互不影响。在运行指定项目时,只需要激活该项目所在的环境即可。

通常我们安装完anaconda后,电脑本地会有一个base环境,不过我们通常不在base环境下跑项目。接下来一起学一学如何创建项目需要的环境吧!

1、创建环境

conda create -n 环境名 python=版本号

例如:conda create -n myproject python=3.7

此处表示新建一个名为myproject的环境,python版本为3.7

2、激活环境

conda activate 环境名

例如:conda activate myproject

3、安装包

(1)手动一个一个安装

pip install 包名

例如:pip install librosa

安装指定版本的包

pip install 包名==版本号

✍注意是==哦!

(2)批量安装

常见于复现代码时,通常原作者都将环境所需要的包放在requirements.txt文档中,此时我们只需要

①将目录切换到requirements.txt所在的位置。

cd 目录

②执行命令

pip install -r requirements.txt

此时,pip install命令会逐一读取requirements.txt中的内容。

省时省力!

如果执行命令时报错,就看一下文档里是否有注释语句,删除注释语句。(笔者的亲身经历,不过尚不知道原理)

我们自己应该怎么写requirements.txt呢?很简单,如下图所示,把需要的包按照包名==版本号的格式,写入txt文档中即可:

4、卸载包

(1)手动一个一个卸载

卸载已安装的包

pip uninstall 包名

卸载指定版本的包

pip uninstall 包名==版本号

(2)批量卸载

①切换到requirements.txt文件所在目录

cd 目录

②执行命令

conda uninstall -t requirements.txt

5、查看当前环境中所有已安装的包

conda list

6、退出当前环境

方法1:激活base环境即可

conda activate base

方法2:deactivate直接退出

conda deactivate 环境名

7、查看电脑上所有已创建的环境

conda info --env

8、删除不需要的环境

conda remove -n 环境名 --all

例如:conda remove -n myproject --all

补充:关于R的友情提醒

自己在配置好conda后,使用R,会提示缺少library,在我的报错中是缺少库文件 (之前忘了保存图了)。

libiconv.so.2:cannot open shared object file: No such file or directory

但是不在conda的环境下启动R就没事,使用 ` locate ` 整个服务器都没有发现类似的文件,这个时候需要使用conda安装libiconv才可以正常使用R。

之前搜索问题的时候,看到健明老师有过类似的问题,不过我们缺少的库文件名称不一样。大家如果遇到类似的问题,可以安装库试试。

总结 

到此这篇关于conda创建环境、安装包、删除环境步骤的文章就介绍到这了,更多相关conda创建环境 安装包内容请搜索脚本之家以前的文章或继续浏览下面的相关文章希望大家以后多多支持脚本之家!

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