python从gbff文件中直接提取cds序列
作者：生信工具箱
这篇文章主要为大家介绍了python从gbff文件中直接提取cds序列示例详解，有需要的朋友可以借鉴参考下，希望能够有所帮助，祝大家多多进步，早日升职加薪
什么是GBFF文件
- GenBank纯文本文件格式(GenBank flatfile， 简称GBFF)
- GBFF是GenBank数据库的基本信息单位
- GBFF序列文件由单个的序列条目组成。
- 序列条目由字段组成，每个字段由关键字起始，后面为该 字段的具体说明。
- 字段分若干次子字段，以次关键字或特性表说明符开始。
- 每个序列条目以双斜杠“//*作结束标记
每个序列条目所代表的意义
1、 LOCUS（代码）序列的功能、序列长度、类型、种属来源、录入日期
2、 DEFINITION（说明）所含的生物学意义的总结性描述
3、 ACCESSION（编号）具有唯一性和永久性
4、 VERSION（版本号）检索号、版本号
5、 KEYWORDS（关键词）描述序列，“ . ”表示没有任何描述内容
6、 SOURCE（数据来源）序列来源生物的简称，或分子类型
7、 REFERENCE （文献）与该数据有关的参考文献，按发表时间排名
8、 FEATURES（特性表）描述基因和基因的产物，以及与序列相关的生物学特性，其中包括
- a. 特性关键词(Feature key) 简要说明功能组的关键词
- b. 特性位置(Location) 指明在特性表中的什么地方找到相关特性
- c. 限定词(Qualifiers) 相关特性的辅助信息
9、 ORIGIN（碱基排列顺序）类似于FASTA格式给出了所记录的序列
最后直接上代🐎，更改输入和输出文件即可使用
import re
FILE_PATH = './input.gb'
OUT_FILE_PATH = './output.fasta'
d = {}
g = {}
tem = []
def con_spl(list_,n = 2):
return [list_[i:i + n] for i in range(0, len(list_), n)]
with open (FILE_PATH,'r')as f:
while True:
text_line = f.readline().strip('\t').split()
if text_line:
if text_line[0] == 'DEFINITION':
c = ' '.join(i for i in text_line[2:])
d[c] = []
g[c] = []
print (text_line)
elif text_line[0] == 'CDS':
cds = re.findall(r"\d+\d*?",text_line[1])
if len(cds) == 2:
d[c].append(cds)
else:
for i in con_spl(cds):
d[c].append(i)
elif text_line[0] == 'ORIGIN':
while text_line[0] != '//':
for i in text_line[1:]:
tem.append(i)
text_line = f.readline().strip('\t').split()
e = ''.join(i for i in tem)
g[c].append(e)
else:
pass
elif f.readline().strip('\t').split():
continue
else:
break
with open (OUT_FILE_PATH,'w')as f:
for i,o in d.items():
G = ''.join(g[I])
p = ''
for u in o:
u1 = int(u[0])
u2 = int(u[1])+1
p += G[u1:u2]
print ('>',i,sep='',file=f)
print (p,file=f)
以上就是python从gbff文件中直接提取cds序列的详细内容，更多关于python提取gbff文件cds序列的资料请关注脚本之家其它相关文章！