R语言绘制Facet violin plot小提琴刻面图实现示例
作者:黄小仙
这篇文章主要为大家介绍了R语言绘制Facet violin plot小提琴刻面图的实现示例,有需要的朋友可以借鉴参考下,希望能够有所帮助,祝大家多多进步
老铁们,许久未见啦。顺便说一下,最近可不是小仙同学偷懒哟,电脑上个月送修今天刚刚拿回来(想买联想Yoga的同学先问问自己会不会拆电脑换排线,我买的这台用了一个月,送修也用了一个月 )。
最近我可攒了个大招呢,先来看看下面这张图,有没有很眼熟呢?
这张图在开始介绍R语言的时候就出现过啦,不过小仙同学当时并不知道怎么画。今天可以秀一把啦。
Step1. 绘图数据的准备
老样子,准备好要作图的csv文件。
数据的格式如下图:列表示一种变量(特征),第一行是列名
a1~a9表示9种基因,TypeA~TypeC表示三种不同的细胞
Step2. 绘图数据的读取
data<-read.csv(“your file path”, header = T) #注释:header=T表示数据中 的第一行是列名,如果没有列名就用header=F
Step3.绘图所需package的安装、调用
#注释:大家要注意今天要用的package安装比较特别哟 install.packages("devtools") library(devtools) install_github("kassambara/easyGgplot2") library(easyGgplot2) #注释:今天还要用到一个新的函数,reshape2里的melt函数,可以把宽数据变成长数据 install.package("reshape2") library(reshape2) df<-melt(data,id.vars = c("type"))
Step4. 绘图
ggplot2.violinplot(data=df,xName='variable',yName='value', #注释:xName表示x轴变量,yName表示y轴变量 groupName='variable', legendPosition="top", faceting=TRUE,facetingVarNames="type")
Step5.美化
ggplot2.violinplot(data=df,xName='variable',yName='value', groupName='variable', legendPosition="top", backgroundColor="white", removePanelGrid=TRUE, axisLine=c(0.5, "solid", "black"), faceting=TRUE, facetingVarNames="type")
Ps:如果想去掉边框可以加上这一句removePanelBorder=TRUE
到这里已经可以完成facet violin plot了,那么问题来了,怎么才能让图片变成下图这个样子呢?小仙同学用了个很笨的方法,下次分享揭晓答案哟!
以上就是R语言绘制Facet violin plot小提琴刻面图实现示例的详细内容,更多关于R语言绘制Facet violin plot小提琴刻面图的资料请关注脚本之家其它相关文章!