解决R语言中install_github中无法安装遇到的问题

首先，让我们来进入常规步骤

我安装的是recharts包，正常的写法呢，就是以下这个样子：

install.packages("devtools")
#devtools::install_github("madlogos/recharts")

第一个问题：

然而对于今天的我来说，那就太天真了，首先踏入的第一个坑：

无法打开URL'http://yihui.name/xran/src/contrib/PACKAGES' Warning in install.packages : 从zip文件中抽取1时出了错

类似于无法访问的错误，第一步的解决办法，就是改变包的镜像。

在Tools->Global Options->packages->change->china Beijing.

如下图所示：

这可能是R新版本的默认设置为外国版本，之前的版本上没有遇到过类似镜像的问题，解决完这里，如果是稍微简单点的问题就可以被解决了，然而我的路才刚刚开始。

第二个问题：

要在https://cran.rstudio.com/bin/windows/Rtools/网站中下载rtools错误大概就是这么写的，具体我已经无法还原了，相信这个报错大家都能看懂，下载未被冻结或锁定的rtools，注意安装时要选择自动添加路径，不然还得手动添加，容易出错。这一步下来，正常的包都可以安装了。

第三个问题

错误为：

failed to receive handshake ssl/tls connection failed github

第一种方法：

始终无法访问github，查过许多资料，有一部分说是IE出了问题，在选项中一次勾选SSL之类的，然而我一开始没有找到这个地方，不过好像这个方法蛮简单，大家如果遇到类似问题可以去百度尝试一下，

第二种方法：

很可能是因为你的网络被设置而代理，或者是你有下载翻墙软件串改了你的internet设置，具体操作如下：打开IE浏览器，选择工具->internet选项->连接->局域网设置->点击自动设置（若勾选，则点为不勾选。若不勾选，则点为勾选），下面的LAN设置不要勾选

第三种方法：

打开git bash,输入下列代码

$ git config --global http.sslBackend "openssl"
$ git config --global http.sslCAInfo c://program files//R//R-3.6.3//library//openssl//cacert.pem(此为R中cacert.pem的文件路径)

运行完之后退出，重新打开R,再执行安装命令

install.packages("devtools")
devtools::install_github("madlogos/recharts")

就OK了。

补充：R安装xml2 （安装devtools）

安装devtools

今天看到了一个R上的一个包，似乎是要用到devtools。发现我linux电脑上的R并没有装devtools这个包。想着直接安装一下，没想到却意外频发。

R：R-4.0.0

devtools需要很多依赖包，用R自带的

install.packages("devtools")

可以很好地解决这些问题，但是发现安装失败。仔细检查后发现是安装xml2的时候出现了意外。

xml2这个包没有装上，导致了最终devtools没有安装成功。

安装xml2时报错：

Error : unable to load shared object '/home/Litedg/Programs/R-4.0.0/lib64/R/library/00LOCK-xml2/00new/xml2/libs/xml2.so': libiconv.so.2: cannot open shared object file: No such file or directory

开始以为是没有装libxml2、libxml2-devel。用yum装过了一下，发现只是版本有些旧，但还是有的。

然后发现在报错的最前面：

--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---

trying URL 'https://cloud.r-project.org/src/contrib/xml2_1.3.2.tar.gz'

Content type 'application/x-gzip' length 271876 bytes (265 KB)

==================================================

downloaded 265 KB

* installing *source* package 'xml2' ...

** package 'xml2' successfully unpacked and MD5 sums checked

** using staged installation

Found pkg-config cflags and libs!

Using PKG_CFLAGS=-I/home/Litedg/Programs/anaconda3/include/libxml2 -I/home/Litedg/Programs/anaconda3/include

Using PKG_LIBS=-L/home/Litedg/Programs/anaconda3/lib -lxml2 -L/home/Litedg/Programs/anaconda3/lib -lz -

L/home/Litedg/Programs/anaconda3/lib -llzma -lpthread -L/home/Litedg/Programs/anaconda3/lib -liconv -

L/home/Litedg/Programs/anaconda3/lib -licui18n -licuuc -licudata -lm -ldl

** libs

所以应该是由于调用了anaconda3下面的libxml2导致的原因。想在环境变量中将anaconda3给注释掉，但是会调到pymol下面，后来发现直接修改xml2安装包的configure就好了。

找到xml2的安装包。在报错的最后面会给出：

The downloaded source packages are in

'/tmp/RtmpUV7uZp/downloaded_packages'

Updating HTML index of packages in '.Library'

Making 'packages.html' ... done

Warning message:

In install.packages("xml2") :

installation of package 'xml2' had non-zero exit status

找到这个目录，解压：

cd /tmp/RtmpUV7uZp/downloaded_packages
tar -zxvf xml2_1.3.2.tar.gz

修改其中configure文件：

  xml2-config --version >/dev/null 2>&1
  if [ $? -eq 0 ]; then
    PKGCONFIG_CFLAGS=`xml2-config --cflags`
    PKGCONFIG_LIBS=`xml2-config --libs`
 
    # MacOS versions El Capitan and later ship a xml2-config which appends `xcrun
    # --show-sdk-path` to the xml2-config. So we remove it if it is present.
    # (https://stat.ethz.ch/pipermail/r-sig-mac/2016-September/012046.html)
    if [ "$OS_TYPE" = "Darwin" ] && [ "$OS_VERSION" -gt "13" ] && [ "$OS_VERSION" -lt "17" ]; then
      PKGCONFIG_CFLAGS=`echo $PKGCONFIG_CFLAGS | perl -pe "s{\Q\`xcrun -show-sdk-path\`\E}{}"`
      PKGCONFIG_LIBS=`echo $PKGCONFIG_LIBS | perl -pe "s{\Q\`xcrun -show-sdk-path\`\E}{}"`
    fi
 
    # Fix a missing libxml2 directory on the requested include directory
    # https://github.com/r-lib/xml2/issues/296
    if [ "${OS_TYPE}" = "Darwin" ] && echo "${PKGCONFIG_CFLAGS}" | grep -sq "/usr/include$"; then
      PKGCONFIG_CFLAGS="$PKGCONFIG_CFLAGS/libxml2"
    fi
 
  else
    pkg-config --version >/dev/null 2>&1
    if [ $? -eq 0 ]; then
      PKGCONFIG_CFLAGS=`pkg-config --cflags $PKG_CONFIG_NAME`
      PKGCONFIG_LIBS=`pkg-config --libs $PKG_CONFIG_NAME`
    fi
  fi

改成：

  if [ $(command -v pkg-config) ]; then
   PKGCONFIG_CFLAGS=$(pkg-config --cflags $PKG_CONFIG_NAME)
   PKGCONFIG_LIBS=$(pkg-config --libs $PKG_CONFIG_NAME)
 fi

即可。保存退出。

使用R CMD进行安装（在xml2目录下）

R CMD INSTALL ./

即可顺利安装xml2包。

其余的包使用

install.packages("devtools")

继续安装即可~

以上为个人经验，希望能给大家一个参考，也希望大家多多支持脚本之家。如有错误或未考虑完全的地方，望不吝赐教。